Seit 1952 steht der Seeburger See unter Landschaftsschutz. Anfang der 70er Jahre gab es Pläne, den Seeburger See als Hochwasserrückhaltebecken und Freizeitzentrum auszubauen.
Dabei hoffte man, daß durch den damit verbundenen Tourismus eine Einahmequelle entstehen würde. 1973 erfolgte jedoch die „Einstweilige Sicherstellung“ des Sees, um ihn vor unkoordinierten Eingriffen zu schützen.
Nach langwierigen Verhandlungen wird der See dann 1976 als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Die dafür ausgearbeitete Verordnung gilt als Kompromiß zwischen Naturschutz und Naherholung.
Für den Naturschutz sind zwei „Kernzonen“ ausgewiesen, der größte Teil der Wasseroberfläche ist „normalgeschützt“ und der Naherholung zugänglich.
Das Segeln, Rudern und Angeln ist erlaubt. Die Anzahl der Boote ist auf 30 Ruder - sowie 30 Segelboote begrenzt. Landwirtschaft kann begrenzt wie bisher betrieben werden. Zur Koordination der Aktivitäten am See wurde ein Zweckverband „Naturschutz - und Erholungsgebiet Seeburger See“ gegründet.
Schon aus dem Namen „Zweckverband“ ist ersichtlich, daß der Seeburger See sowohl Naturschutz als auch Erholungsgebiet ist. Daß die sich konträr gegenüberstehenden Grundtendenzen trotzdem miteinander vereinbaren lassen, dafür geben der Seeburger See die Orte Seeburg und Bernshausen ein gutes Beispiel.
Ökologische Bedeutung
Als größter Natursee Südostniedersachsens und des weiten Umlandes besitzt der Seeburger See hohen ökologischen Stellenwert. Pflanzen- und Tiergesellschaften diese Flachsees mit ausgedehnten Verlandungszonen sind einmalig in der Region.
Bei der Verlandung handelt es sich um einen natürlichen Prozess, der sich in jedem stehenden Süßgewässer vollzieht. Die Geschwindigkeit hängt von der Größe des Lebensraums, dem Eutrophiegrad und zahlreichen anderen Faktoren ab. Dabei ist ein Schilfgürtel nicht die Ursache für die Verlandung, sondern die Folge eines Verlandungsprozesses. Gerade am Seeburger See übt dieser Gürtel einen positiven Effekt aus.